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Carbonara-Aquilonia è un centro di origine sannita, come testimoniano i numerosi ritrovamenti archeologici della zona. Nel V - IV sec. a.C. diversi villaggi (oppida e vici), più o meno grandi, erano diffusi su questo altopiano ofantino. Pastori ed agricoltori si insediarono in luoghi il più possibile inaccessibili alle incursioni di altri popoli vicini. I centri antichi dei Sanniti erano costituiti da ampi territori con un oppidum fortificato che sorgeva sulla cima della collina, entro le cui mura gli abitanti dei borghi sparsi si rifugiavano in caso di pericolo. Carbonara-Aquilonia - come gli altri centri limitrofi di Romulea (Bisaccia), Aletrium (Calitri), Akedunniad (Aquilonia), Cominium (Monteverde)- fu coinvolta nelle guerre contro Roma che nel IV sec. a.C. aveva cominciato la sua espansione verso l’Italia meridionale. Akedunniad, Aquilonia antica (oggi Lacedonia) era un importante centro fortificato. Il paese viveva di economia pastorale basata principalmente sullo sfruttamento degli erbaggi dei pascoli e dei boschi.
Durante la seconda guerra sannitica Roma operò molte incursioni anche in questi territori, saccheggiando anche l’antico centro di Romulea (Bisaccia). Alcuni storici ritengono che la famosa e cruenta battaglia di Aquilonia combattuta tra romani e sanniti nel 293 a.C, e narrata dallo storico romano Livio (Ab Urbe condita libri, X, 38-40), a cui avrebbero partecipato sessantamila uomini, sia avvenuta nella vallata del torrente Calaggio, non lontano dal centro abitato. La costruzione delle strade consentì poi un rapido collegamento con le zone orami sottomesse e un più marcato controllo della regione da parte di Roma. Passavano per queste remoto angolo dell’Appennino, oltre l’antica via Appia, anche la via Erculia e la via Traiana, un’importante traversa della Via Appia tra Benevento e la Puglia. Aquilonia sopravvisse come municipio romano e visse la grande vicenda storica dell’Impero romano fino ai primi segni di decadenza tra il IV ed il V sec. dopo Cristo.
L’alta valle dell’Ofanto era già in crisi come del resto tutta la Campania nel V sec. d.C. allorquando l’invasione dei Goti e la successiva guerra con i Bizantini segnarono un ulteriore battuta di arresto per la vita civile dei paesi ofantini. Cambiò l’assetto del territorio e la denominazione dei centri abitati. Carbonara, di cui non si hanno precise testimonianze per l’età antica, si arricchì di una rocca fortificata e divenne, insieme ai suoi casali, un centro militare a presidio della vallata dell’Osento e dell’Ofanto.